公司在申報 88 年度營利事業所得稅時，曾列報一筆佣金支出的營業費用，經稅捐稽徵機關否准其認列後，核定佣金支出為 0 元，並應補徵營利事業所得稅。公司不服，乃提起撤銷訴訟，經行政法院判決認定稅捐稽徵機關並無違誤，而判決駁回確定。至公司對同一漏稅事實而遭裁罰處分不服另提起撤銷訴訟，否定原補稅處分之基礎事實，而主張有仲介勞務之事實，問法院應如何審理？