事業應採行水污染防治措施；其水污染防治措施之適用對象、範圍、條件、必備設施、規格、設置、操作、監測、記錄、監測紀錄資料保存年限、預防管理、緊急應變，與廢 (污) 水之收集、處理、排放及其他應遵行事項之管理辦法，由中央主管機關會商相關目的事業主管機關定之。

事業排放於土壤或地面水體之廢（污）水所含之有害健康物質超過本法所定各該管制標準者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上五百萬元以下罰金。事業注入地下水體之廢（污）水含有害健康物質者，處一年以上七年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上二千萬元以下罰金。犯第一項之罪而有下列情形之一者，處五年以下有期徒刑，得併科新臺幣二十萬元以上一千五百萬元以下罰金：一、無排放許可證或簡易排放許可文件。二、違反第十八條之一第一項規定。三、違反第三十二條第一項規定。第一項、第二項有害健康物質之種類、限值，由中央主管機關公告之。負責人或監督策劃人員犯第三十四條至本條第三項之罪者，加重其刑至二分之一。

違反第三十二條第一項規定，將廢（污）水注入地下水體或未取得排放土壤處理許可證而排放廢（污）水於土壤者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰；主管機關並應令事業全部停工或停業；必要時，應勒令歇業。違反第三十二條第一項未依排放土壤處理許可證之登記事項運作者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正，屆期仍未補正者，按次處罰；情節重大者，得令其停工或停業；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。

依第二十條第三項、第二十二條、第三十一條第二項、第三十二條第四項或第三十三條第二項有申報義務，不為申報者，處新臺幣六千元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期申報，屆期未申報或申報不完全者，按次處罰。