航政機關對中華民國船舶及非中華民國船舶經特許於中華民國各港口間運送客貨或從事非自用遊艇業務之航行安全事項得施行抽查。船舶除緊急救難外，不得載運超過航政機關核定之乘員人數。
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下列船舶之所有人或承擔其安全營運與防止污染管理責任之機構，應於生效日起建立安全營運與防止污染管理制度，並取得航政機關核發之評鑑合格證書：一、總噸位一百以上或乘客定額超過一百五十人以上之客船。二、總噸位五百以上之貨船。三、其他經主管機關公告適用之船舶。前項規定所稱生效日，於第一款及第二款規定之船舶，為本法中華民國一百零七年十一月六日修正之條文施行日起一年；第三款規定之船舶，為主管機關公告後一年。安全營運與防止污染管理制度之內容、評鑑、豁免及等效、證書之申請、核發、補發、換發、註銷、撤銷或繳銷、評鑑費、證書費之收取、證書有效期間及其他應遵行事項之規則，由主管機關定之。船舶具備主管機關委託之驗船機構核發國際船舶安全管理章程評鑑合格證明文件者，視為已依前項所定規則之評鑑合格，免再發相關證書。
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除依前條或第五十六條所定規定外，危險品不得攜帶或託運進入有載運乘客之客船。危險品名稱，由航政機關公告之。
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客船所有人應向船舶所在地航政機關，申請核發客船安全證書。非領有客船安全證書，不得搭載乘客。航政機關依船舶設備、水密艙區及防火構造，核定乘客定額及適航水域，並載明於客船安全證書。客船搭載乘客不得超過依前項核定之乘客定額，並不得在依前項核定適航水域以外之水域搭載乘客。
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遊艇檢查分特別檢查、定期檢查、臨時檢查及自主檢查。遊艇符合下列規定者，始得航行：一、檢查合格。二、全船乘員人數未逾航政機關核定之定額。三、依規定將設備整理完妥。
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遊艇不得經營客、貨運送、漁業，或供娛樂以外之用途。但得從事非漁業目的之釣魚活動。自用或非中華民國遊艇，不得作為非自用遊艇使用。但非中華民國遊艇符合下列條件，並經主管機關核准者，不在此限：一、第五條第二項第三款所定公司，承租全長十八公尺以上非中華民國遊 艇。二、依主管機關所定保險金額，投保責任保險。三、檢附行政規費繳納收據及外國政府出具之適航證明文件。遊艇活動未涉及入出境者，於出海前填具相關船舶、航行及人員等資訊，向出海港之海岸巡防機關以電子郵件、傳真或現場等方式報備，其相關表格、程序由海岸巡防機關定之。遊艇入出國境涉及關務、入出境、檢疫、安全檢查程序及特許之辦法，由主管機關定之。
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小船之檢查，分特別檢查、定期檢查及臨時檢查。小船符合下列規定者，始得航行：一、檢查合格。二、載客人數未逾航政機關依第八十一條規定核定之定額。三、依規定將設備整理完妥。
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非中華民國船舶，除經中華民國政府特許或為避難者外，不得在中華民國政府公告為國際商港以外之其他港灣口岸停泊。
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違反第八條規定者，由航政機關處船舶所有人、船長、遊艇駕駛或小船駕駛新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其立即離港。違反第三十條之一第一項規定者，其船舶禁止航行。違規航行者，得由航政機關處承擔安全營運與防止污染管理責任之機構負責人或船舶所有人新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰。
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船舶違反第二十八條之三第二項規定者，由航政機關處船舶所有人、船長或小船駕駛新臺幣一萬五千元以上十五萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。違反第五十二條第三項或第七十四條第二項第二款規定者，由航政機關處客船所有人、載客小船所有人、船長或小船駕駛新臺幣一萬五千元以上十五萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。違反第三十四條之一第一項規定，攜帶或託運危險品進入有載運乘客之客船者，處新臺幣二萬元以上十萬元以下罰鍰。
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違反第五十九條第二項第二款、第七十條第一項或第二項規定者，由航政機關處遊艇所有人或遊艇駕駛新臺幣一萬五千元以上十五萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。違反第六十六條第一項至第三項規定者，由航政機關處遊艇所有人新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。
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違反第十五條第一項、第二十五條、第二十六條第一項、第二十七條第一項、第三十條、第三十九條、第四十二條前段、第五十三條第二項規定者，由航政機關處船舶所有人新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。違反第二十三條第三項、第三十七條前段、第四十九條、第五十二條第一項、第五十三條第三項或第五十七條前段規定者，由航政機關處船舶所有人或船長新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。船舶所有人、船長、遊艇駕駛或小船駕駛拒絕航政機關依第二十八條之三第一項規定對船舶施行抽查，處新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰；經航政機關抽查有適航性疑義時，並命其禁止航行及限期改善；改善完成後，始得放行。
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違反第九條規定者，由航政機關處船舶所有人、船長、遊艇駕駛或小船駕駛新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並得命其限期改善。違反第十一條第一項或第二項規定者，由航政機關處船舶所有人新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並得命其限期改善。
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違反第六條、第七條或停止航行命令者，由航政機關處船舶所有人、船長、遊艇駕駛或小船駕駛新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰，並命其限期改善。未依第二十條第二項規定或違反第十一條第三項所定期限申請船舶變更登記或註冊，或換發船舶相關證書，由航政機關處船舶所有人新臺幣六千元以上六萬元以下罰鍰。
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有下列情形之一者，由航政機關處船舶所有人新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰：一、違反第十條第一項至第三項或第十四條規定而未申請變更、註冊。二、違反第十七條規定，未於領得臨時船舶國籍證書之日起三個月內為船 舶所有權登記。違反第十八條規定，未於領得臨時船舶國籍證書之日起三個月內申請換發或補發船舶國籍證書，由航政機關處船舶所有人或船長新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰。違反第五十九條第二項第一款或第三款規定由航政機關處遊艇所有人或遊艇駕駛新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰。
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有下列情形之一者，由航政機關處小船所有人或小船駕駛新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰：一、違反第七十三條第一項後段規定，未經領有航政機關核發之小船執照 而航行。二、違反第七十四條第二項第一款、第三款或第八十條第二項規定。違反第七十五條第一項、第七十六條、第七十七條第一項、第七十八條第一項或第八十一條規定由航政機關處小船所有人新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰。
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同一船舶所有人、船長、遊艇駕駛或小船駕駛在一年內，有第九十條至第九十二條、第九十四條、第九十五條、第九十七條或第九十八條所列同一行為，經航政機關處分二次以上者，得併予該船七日以上一個月以下之停航處分。
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