納稅義務人有下列情形之一者，處新臺幣一萬元以上五萬元以下罰鍰，並通知其依限補辦或改正；屆期仍未補辦或改正者，得連續處罰︰一、未依第九條或第十條規定申請登記者。二、未依菸酒稅稽徵規則之規定報告或報告不實者。三、產製廠商未依第十一條規定設置或保存帳簿、憑證或會計紀錄者。

納稅義務人有下列逃漏菸酒稅及菸品健康福利捐情形之一者，除補徵菸酒稅及菸品健康福利捐外，按補徵金額處三倍以下之罰鍰：一、未依第九條規定辦理登記，擅自產製應稅菸酒出廠。二、於第十四條規定停止出廠期間，擅自產製應稅菸酒出廠。三、國外進口之菸酒，未申報繳納菸酒稅及菸品健康福利捐。四、免稅菸酒未經補徵菸酒稅及菸品健康福利捐，擅自銷售或移作他用。五、廠存原料或成品數量，查與帳表不符。六、短報或漏報應稅數量。七、菸酒課稅類別申報不實。八、其他違法逃漏菸酒稅或菸品健康福利捐。