本處設下列各課、室，分別掌理下列事項：
一、漁港工程課：漁港工程之規劃設計、發包、施工及設施興建、漁村建
    設、漁港計畫之管理等事項。
二、漁業管理課：漁業輔導及管理、漁業權審核登記、漁業執照核發、漁
    船（員）管理（含大陸及外籍船員）等事項。
三、漁業技術課：漁業資源之開發利用、海洋復育園區維護、水產種苗培
    育、水產品繁殖技術研發等事項。
四、秘書室：文書、檔案管理、公文管理、事務、出納、採購、財產管理
    、法制、研考、資訊管理、公共關係、新聞發布，綜合業務及不屬於
    其他各課之事項。