中央主管機關及直轄市、縣（市）主管機關（以下簡稱地方主管機關）執
行本法所定事項權責劃分如下：
一、中央主管機關：
（一）訂定傳染病防治政策及計畫，包括預防接種、傳染病預防、流行疫
      情監視、通報、調查、檢驗、處理、檢疫、演習、分級動員、訓練
      及儲備防疫藥品、器材、防護裝備等措施。
（二）監督、指揮、輔導及考核地方主管機關執行傳染病防治工作有關事
      項。
（三）設立預防接種受害救濟基金等有關事項。
（四）執行國際及指定特殊港埠之檢疫事項。
（五）辦理傳染病防治有關之國際合作及交流事項。
（六）其他中央主管機關認有防疫必要之事項。
二、地方主管機關：
（一）依據中央主管機關訂定之傳染病防治政策、計畫及轄區特殊防疫需
      要，擬定執行計畫付諸實施，並報中央主管機關備查。
（二）執行轄區各項傳染病防治工作，包括預防接種、傳染病預防、流行
      疫情監視、通報、調查、檢驗、處理、演習、分級動員、訓練、防
      疫藥品、器材、防護裝備之儲備及居家隔離民眾之服務等事項。
（三）執行轄區及前款第四目以外港埠之檢疫事項。
（四）辦理中央主管機關指示或委辦事項。
（五）其他應由地方主管機關辦理事項。
地方主管機關辦理前項第二款事項，必要時，得報請中央主管機關支援。
各級主管機關執行港埠之檢疫工作，得委託其他機關（構）或團體辦理之
。

主管機關對入、出國（境）之人員，得施行下列檢疫或措施，並得徵收費
用：
一、對前往疫區之人員提供檢疫資訊、防疫藥物、預防接種或提出警示等
    措施。
二、命依中央主管機關規定詳實申報傳染病書表，並視需要提出健康證明
    或其他有關證件。
三、施行健康評估或其他檢疫措施。
四、對自感染區入境、接觸或疑似接觸之人員、傳染病或疑似傳染病病人
    ，採行居家檢疫、集中檢疫、隔離治療或其他必要措施。
五、對未治癒且顯有傳染他人之虞之傳染病病人，通知入出國管理機關，
    限制其出國（境）。
六、商請相關機關停止發給特定國家或地區人員之入國（境）許可或提供
    其他協助。
前項第五款人員，已無傳染他人之虞，主管機關應立即通知入出國管理機
關廢止其出國（境）之限制。
入、出國（境）之人員，對主管機關施行第一項檢疫或措施，不得拒絕、
規避或妨礙。