民國 65 年 10 月 22 日制定公布之稅捐稽徵法第 28 條規定：「納稅義務人對於因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起 5 年內提出具體證明，申請退還；逾期未申請者，不得再行申請。」其性質上為公法上不當得利規定（參見本院 86 年度 8 月份庭長評事聯席會議決議）。該規定嗣於 98 年 1 月 21 日修正為兩項：「（第 1 項）納稅義務人自行適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起 5 年內提出具體證明，申請退還；屆期未申請者，不得再行申請。（第 2 項）納稅義務人因稅捐稽徵機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，致溢繳稅款者，稅捐稽徵機關應自知有錯誤原因之日起 2 年內查明退還，其退還之稅款不以 5 年內溢繳者為限。」其修正係增列退稅原因，並就溢繳稅款發生之不同原因，規定不同之應退還稅款期間。其中第 2 項增列「其他可歸責於政府機關之錯誤」為退稅原因，且明定因稅捐稽徵機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，致溢繳稅款者，其退還之稅款不限於 5 年內溢繳部分，均係作有利於納稅義務人之修正。此部分退稅規定具公法上不當得利性質，自不因而受影響，納稅義務人得據以請求退還溢繳之稅款。稅捐稽徵機關本於所認定之事實，適用法令作成課稅處分，其事實認定必須正確，法令適用始可能正確。事實認定錯誤，法令適用自必錯誤。因此，稅捐稽徵法第 28 條第 2 項所稱之「適用法令錯誤」，法律文義包含因事實認定錯誤所致適用法令錯誤之情形。再司法實務就課稅處分之行政爭訟，係採所謂「爭點主義」（本院 62 年判字第 96 號判例參照），復因申請復查及提起訴願、行政訴訟，有法定期間之限制（稅捐稽徵法第 35 條第 1 項、訴願法第 14 條第 1 項及行政訴訟法第 106 條第 1 項）。因此，納稅義務人於復查程序或訴願程序未主張之爭點，非但於訴願程序及行政訴訟不得主張，亦不得另行據以提起行政爭訟。然而稅捐稽徵機關於稅捐核課期間內，發現課稅處分所據事實以外之課稅事實者，卻得依稅捐稽徵法第 21 條第 2 項規定，對納稅義務人另行補徵稅捐。兩者相較，顯失公平。為求平衡，應許納稅義務人以課稅處分認定事實錯誤，請求退還溢繳之稅款。稅捐稽徵法第 28 條第 2 項之「適用法令錯誤」，即無予以限縮解釋，排除認定事實錯誤，致適用法令錯誤情形之理由。從而，稅捐稽徵機關之課稅處分認定事實錯誤時，納稅義務人得援引稅捐稽徵法第 28 條第 2 項規定，請求退還溢繳之稅款。