行政程序法第 121 條第 1 項規定：「第 117 條之撤銷權，應自原處分機關或其上級機關知有撤銷原因時起 2 年內為之。」法文明示「知」為撤銷權除斥期間之起算點，在授益行政處分之撤銷，且其撤銷純係因法律適用之瑕疵時，尚非僅以原處分機關或其上級機關可得知悉違法原因時，為除斥期間之起算時點，仍應自有權撤銷之機關確實知曉原作成之授益行政處分有撤銷原因時，起算 2 年之除斥期間。又是否確實知曉有撤銷原因者，乃事實問題，自應具體審認。

民國 65 年 10 月 22 日制定公布之稅捐稽徵法第 28 條規定：「納稅義務人對於因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起 5 年內提出具體證明，申請退還；逾期未申請者，不得再行申請。」其性質上為公法上不當得利規定（參見本院 86 年度 8 月份庭長評事聯席會議決議）。該規定嗣於 98 年 1 月 21 日修正為兩項：「（第 1 項）納稅義務人自行適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起 5 年內提出具體證明，申請退還；屆期未申請者，不得再行申請。（第 2 項）納稅義務人因稅捐稽徵機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，致溢繳稅款者，稅捐稽徵機關應自知有錯誤原因之日起 2 年內查明退還，其退還之稅款不以 5 年內溢繳者為限。」其修正係增列退稅原因，並就溢繳稅款發生之不同原因，規定不同之應退還稅款期間。其中第 2 項增列「其他可歸責於政府機關之錯誤」為退稅原因，且明定因稅捐稽徵機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，致溢繳稅款者，其退還之稅款不限於 5 年內溢繳部分，均係作有利於納稅義務人之修正。此部分退稅規定具公法上不當得利性質，自不因而受影響，納稅義務人得據以請求退還溢繳之稅款。稅捐稽徵機關本於所認定之事實，適用法令作成課稅處分，其事實認定必須正確，法令適用始可能正確。事實認定錯誤，法令適用自必錯誤。因此，稅捐稽徵法第 28 條第 2 項所稱之「適用法令錯誤」，法律文義包含因事實認定錯誤所致適用法令錯誤之情形。再司法實務就課稅處分之行政爭訟，係採所謂「爭點主義」（本院 62 年判字第 96 號判例參照），復因申請復查及提起訴願、行政訴訟，有法定期間之限制（稅捐稽徵法第 35 條第 1 項、訴願法第 14 條第 1 項及行政訴訟法第 106 條第 1 項）。因此，納稅義務人於復查程序或訴願程序未主張之爭點，非但於訴願程序及行政訴訟不得主張，亦不得另行據以提起行政爭訟。然而稅捐稽徵機關於稅捐核課期間內，發現課稅處分所據事實以外之課稅事實者，卻得依稅捐稽徵法第 21 條第 2 項規定，對納稅義務人另行補徵稅捐。兩者相較，顯失公平。為求平衡，應許納稅義務人以課稅處分認定事實錯誤，請求退還溢繳之稅款。稅捐稽徵法第 28 條第 2 項之「適用法令錯誤」，即無予以限縮解釋，排除認定事實錯誤，致適用法令錯誤情形之理由。從而，稅捐稽徵機關之課稅處分認定事實錯誤時，納稅義務人得援引稅捐稽徵法第 28 條第 2 項規定，請求退還溢繳之稅款。

訴願法第 81 條第 1 項：「訴願有理由者，受理訴願機關應以決定撤銷原行政處分之全部或一部，並得視事件之情節，逕為變更之決定或發回原行政處分機關另為處分。但於訴願人表示不服之範圍內，不得為更不利益之變更或處分。」此項本文規定係規範受理訴願機關於訴願有理由時，應為如何之決定。其但書明文規定「於訴願人表示不服之範圍內」，顯係限制依本文所作成之訴願決定，不得為更不利益之變更或處分，自是以受理訴願機關為規範對象，不及於原處分機關。本項規定立法理由雖載有「受理訴願機關逕為變更之決定或原行政處分機關重為處分時，均不得於訴願人表示不服之範圍內，為更不利益之變更或處分」之文字。然其提及參考之民國 69 年 5 月 7 日訂定之「行政院暨所屬各級行政機關訴願審議委員會審議規則」第 15 條，僅規定受理訴願機關認訴願為有理由時之處理方法，並未規定原行政處分機關於行政處分經撤銷發回後重為處分時，不得為更不利於處分相對人之處分。在法無明文時，尚不得以立法理由所載文字，限制原行政處分機關於行政處分經撤銷發回後重為處分時，於正確認事用法後，作成較原行政處分不利於處分相對人之行政處分，否則不符依法行政原則。因此，原行政處分經訴願決定撤銷，原行政處分機關重為更不利處分，並不違反訴願法第 81 條第 1 項但書之規定。惟原行政處分非因裁量濫用或逾越裁量權限而為有利於處分相對人之裁量者，原行政處分機關重為處分時，不得為較原行政處分不利於處分相對人之裁量，否則有違行政行為禁止恣意原則。