要旨：
（一）觀之 90 年 11 月 12 日公司法第 9 條的立法理由：「按公司法 負責人為第 1 項規定之違法行為，自依該項規定受刑事制裁，至 於公司與負責人之行為宜予區別，為考量公司已持續經營狀態，如 驟以撤銷，對於社會交易相對人及債權人之保障，恐衍生另一問題 ，因此，於未確定判決前，給予公司補正資本之程序，爰增訂第 3 項但書。」而股份有限公司股東對於公司之責任，以繳清其股份之 金額為限（公司法第 154 條第 1 項）；公司各股東，除本法另 有規定外，每股有一表決權（公司法第 179 條第 1 項）；公司 為下列行為，應有代表已發行股份總數 3 分之 2 以上股東出席 之股東會，以出席股東表決權過半數之同意行之：一、締結、變更 或終止關於出租全部營業，委託經營或與他人經常共同經營之契約 。二、讓與全部或主要部分之營業或財產。三、受讓他人全部營業 或財產，對公司營運有重大影響。（公司法第 185 條第 1 項） ；股息及紅利之分派，除本法另有規定外，以各股東持有股份之比 例為準（公司法第 235 條）；公司清算清償債務後，賸餘之財產 應按各股東股份比例分派（公司法第 330 條前段）。綜上公司法 規定，股份有限公司股東對公司之權利及義務，係按其持有股份比 例為準，因此關於股份有限公司增資發行新股應收股款，股東未實 際繳納，而有行為時公司法第 9 條第 3 項規定應撤銷或廢止其 增資登記之事由時，已涉及公司股東間持有股份比例之變動，對公 司原有股東之權益有重大影響，則從該法條規定的整體結構、適用 對象、所欲產生之規範效果等綜合判斷，該法條規定有保障公司原 有股東權益之意旨，故股份有限公司原有股東亦得依行為時公司法 第 9 條第 3 項規定，請求主管機關撤銷或廢止其登記。本件參 加人為股份有限公司組織，原告為參加人的股東，則原告因參加人 涉有公司法第 9 條第 1 項規定增資發行新股應收股款，股東未 實際繳納的情事，於 107 年 1 月 15 日向被告請求撤銷 103 年 7 月 16 日函准予發行新股之變更登記，依上述規定及說明， 原告自得依行為時公司法第 9 條第 3 項規定，請求被告撤銷或 廢止其登記。被告以 107 年 1 月 23 日函回覆原告應訴請管轄 法院偵辦，再由檢察機關通知被告辦理等語，顯已否准原告的請求 ，是該函乃被告基於職權，就具體事件，所為發生公法上法律效果 之單方行政行為，自屬行政處分性質。（二）然公司法於 90 年 11 月 12 日全盤修正，刪除第 412 條、第 415 條、第 419 條及第 422 條有關主管機關對於有限公司及股 份有限公司設立登記、增資登記之申請，應派員檢查並得限期申復 及抵繳資本之財產過高得裁減之規定，且修正第 7 條之規定，就 資本真實性，賦予會計師查核簽證之責，公司登記主管機關已不再 具有檢查及裁減權限。又公司法第 9 條亦同時修正第 4 項規定 為：「公司之設立或其他登記事項有偽造、變造文書，經裁判確定 後，由檢察機關通知中央主管機關撤銷或廢止其登記」，並配合修 正第 388 條規定，以違反「本法」及不合法定程式者，始令其改 正。即資本如有虛偽不實，須經司法判決確定後，始得據以撤銷或 廢止登記。準此，公司登記主管機關對於登記之申請，僅須就公司 所提出之申請書件審核，倘符合公司法之規定，即應准予登記。換 言之，公司申請設立或變更登記事項，其真實性如何，允屬司法機 關認事用法之範疇（最高行政法院 92 年度判字第 833 號判決及 104 年度裁字第 1529 號裁定亦採相同見解）。本件原告提出臺南 地檢署起訴書，請求被告撤銷 103 年 7 月 16 日函，因該起訴 書並非確定判決，核與行為時公司法第 9 條第 3 項規定不符， 被告以 107 年 1 月 23 日函否准原告的請求，即無違誤。