公平交易法第三十五條已於八十八年二月三日修正公布施行，同月五日生效，依舊法之規定，行為人一違反同法第十四條「事業不得為聯合行為」之情形者，即應科處三年以下有期徒刑、拘役，或科或併科新臺幣一百萬元以下罰金；而新法係修正為：「違反第十四條規定，經中央主管機關依第四十一條規定限期命其停止、改正其行為或採取必要措施，而逾期未停止、改正其行為或採取必要措施，或停止後再為相同或類似違反行為者，處行為人三年以下有期徒刑、拘役，或科或併科新臺幣一億元以下罰金。」設行為人於新法生效前，違反該法第十四條「事業不得為聯合行為」之情形經檢察官提起公訴，而中央主管機關無從依第四十一條規定「限期命其停止、改正其行為或採取必要措施」，行為人亦無從「停止、改正其行為或採取必要措施」，法院於新法生效後應如何裁判？