財政部中華民國九十二年六月三日、九十三年五月二十一日、九十四年二月十八日、九十五年二月十五日、九十六年二月七日、九十七年一月三十日發布之台財稅字第○九二○四五二四六四號、第○九三○四五一四三二號、第○九四○四五○○○七○號、第○九五○四五○七六八○號、第○九六○四五○四八五○號、第○九七○四五一○五三○號令，所釋示之捐贈列舉扣除額金額之計算依財政部核定之標準認定，以及非屬公共設施保留地且情形特殊得專案報部核定，或依土地公告現值之百分之十六計算部分，與憲法第十九條租稅法律主義不符，均應自本解釋公布之日起不予援用。

中華民國八十九年二月二日制定公布之土地徵收條例第四十條第一項規定：「實施區段徵收時，原土地所有權人不願領取現金補償者，應於徵收公告期間內，檢具有關證明文件，以書面向該管直轄巿或縣（巿）主管機關申請發給抵價地。……」（該條於一○一年一月四日修正公布，惟該項規定並未修正；下稱系爭規定）關於應於公告期間內申請部分，於上開主管機關依同條例第十八條規定以書面通知土地所有權人，係在徵收公告日之後送達者，未以送達日之翌日為系爭規定申請期間起算日，而仍以徵收公告日計算申請期間，要求原土地所有權人在徵收公告期間內為申請之規定，不符憲法要求之正當行政程序，有違憲法第十五條保障人民財產權之意旨，應自本解釋公布之日起一年內檢討修正。逾期未修正者，該部分失其效力。

中華民國九十年五月三十日修正公布之大眾捷運法（下稱九十年捷運法）第七條第四項規定：「大眾捷運系統……其毗鄰地區辦理開發所需之土地……，得由主管機關依法報請徵收。」七十七年七月一日制定公布之大眾捷運法（下稱七十七年捷運法）第七條第三項規定：「聯合開發用地 ……，得徵收之。」七十九年二月十五日訂定發布之大眾捷運系統土地聯合開發辦法（下稱開發辦法）第九條第一項規定：「聯合開發之用地取得 ……，得由該主管機關依法報請徵收……。」此等規定，許主管機關為土地開發之目的，依法報請徵收土地徵收條例（下稱徵收條例）第三條第二款及土地法第二百零八條第二款所規定交通事業所必須者以外之毗鄰地區土地，於此範圍內，不符憲法第二十三條之比例原則，與憲法保障人民財產權及居住自由之意旨有違，應自本解釋公布之日起不予適用。

主管機關依中華民國七十七年七月一日制定公布之大眾捷運法第六條，按相關法律所徵收大眾捷運系統需用之土地，不得用於同一計畫中依同法第七條第一項規定核定辦理之聯合開發。 依大眾捷運法第六條徵收之土地，應有法律明確規定得將之移轉予第三人所有，主管機關始得為之，以符憲法保障人民財產權之意旨。

人民之財產權應予保障，憲法第 15 條定有明文。需用土地人因興辦土地徵收條例第 3 條規定之事業，穿越私有土地之上空或地下，致逾越所有權人社會責任所應忍受範圍，形成個人之特別犧牲，而不依徵收規定向主管機關申請徵收地上權者，土地所有權人得請求需用土地人向主管機關申請徵收地上權。中華民國 89 年 2 月 2 日制定公布之同條例第 11 條規定：「需用土地人申請徵收土地……前，應先與所有人協議價購或以其他方式取得；所有人拒絕參與協議或經開會未能達成協議者，始得依本條例申請徵收。」（101 年 1 月 4 日修正公布之同條第 1 項主要意旨相同）第 57 條第 1 項規定：「需用土地人因興辦第 3 條規定之事業，需穿越私有土地之上空或地下，得就需用之空間範圍協議取得地上權，協議不成時，準用徵收規定取得地上權。……」未就土地所有權人得請求需用土地人向主管機關申請徵收地上權有所規定，與上開意旨不符。有關機關應自本解釋公布之日起一年內，基於本解釋意旨，修正土地徵收條例妥為規定。逾期未完成修法，土地所有權人得依本解釋意旨，請求需用土地人向主管機關申請徵收地上權。