製造、輸入、販賣第一類至第三類毒性化學物質者，應向直轄市、縣（市）主管機關申請核發許可證，並依許可證內容運作。使用、貯存第一類至第三類毒性化學物質者，應向直轄市、縣（市）主管機關申請登記，並依登記文件內容運作。廢棄、輸出第一類至第三類毒性化學物質者，應逐批向直轄市、縣（市）主管機關申請登記，始得運作。第一項及第二項所定毒性化學物質之運作，其運作總量低於依第十一條第二項公告之分級運作量者，得報經直轄市、縣（市）主管機關核可並取得核可文件，不受第一項、第二項、第十八條、第三十五條及第三十九條規定之限制。前四項許可證、登記與核可之申請、審查程序、核（換、補）發、變更、展延、撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

第一類至第三類毒性化學物質停止運作期間超過一個月者，負責人應自停止運作之日起十四日內，將所剩之毒性化學物質列冊報請直轄市、縣（市）主管機關核准，並於核准後依下列方式處理之：一、退回原製造或販賣者。二、販賣或轉讓他人。三、退運出口。四、依廢棄物清理有關法規規定處置。五、其他經中央主管機關公告或審定之方式。

第一類至第三類毒性化學物質及經中央主管機關指定公告具有危害性之關注化學物質，其相關運作人應採取必要之防護第三人措施，並依規定對運作風險投保責任保險。前項應投保責任保險之運作人及保險標的、保險契約項目、最低保險金額、保險內容、文件保存及相關內容之辦法，由中央主管機關定之。

第一類至第三類毒性化學物質及經中央主管機關指定公告具有危害性之關注化學物質，其運作過程中，應維持其防止排放或洩漏設施之正常操作，並備有應變器材及偵測與警報設備。前項經主管機關指定公告應連線者，運作人應於規定期限內完成設置自動偵測設施並與主管機關連線。前二項應變器材及偵測與警報設備之設置、構造、操作、檢查、維護、保養、校正、記錄頻率、連線方式、紀錄保存及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

毒性化學物質及經中央主管機關指定公告具有危害性之關注化學物質，有下列情形之一者，運作人應立即採取緊急防治措施，並至遲於三十分鐘內，報知事故發生所在地之直轄市、縣（市）主管機關：一、因洩漏、化學反應或其他突發事故而有污染運作場所周界外之環境之 虞。二、於運送過程中，發生突發事故而有污染環境或危害人體健康之虞。前項報知方式，由中央主管機關公告之。有第一項各款情形之一時，主管機關除命其採取必要措施外，並得命其停止與該事故有關之部分或全部運作。必要時，主管機關並得逕行採取處理措施。第一項第二款運送過程發生突發事故時，運作人或所有人應於二小時內派專業應變人員或委託專業應變機關（構）至事故現場，負責事故應變及善後處理等事宜。第一項運作人除應於事故發生後，依相關規定負責清理外，並依規定製作書面調查處理報告，報請主管機關備查；其報告之格式、內容、應記載事項及其他應遵行事項之準則，由中央主管機關定之。

依前條第一項規定查核之毒性化學物質、關注化學物質、其他應登錄化學物質或有關物品，依查核結果，為下列處理：一、有違反本法規定之情事，依本法規定處罰；其物質或物品，得令運作 人限期依廢棄物清理有關法規規定清理之。二、封存之物質或物品經認定為廢棄物者，得令運作人限期依廢棄物清理 有關法規規定清理之。經認定得改善或改製其他物質者，啟封交還並 監督限期改善或改製；屆期未改善或改製者，得令運作人限期依廢棄 物清理有關法規規定清理之。三、未違反本法之規定，即予啟封交還。

化學物質之毒理特性符合第三條所定毒性化學物質之分類定義者，中央主管機關應公告為第一類、第二類、第三類或第四類毒性化學物質。第一類、第二類及第三類毒性化學物質，中央主管機關得公告限制或禁止其有關之運作。運作人使用毒性化學物質之過程因採行對策及控制方法，證明可預防或避免污染環境或危害人體健康者，得申請解除前項公告所定限制或禁止事項。申請被駁回者，得提出申復，但以一次為限；其申請應檢附之文件、核駁、提起申復之期限及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。第四類毒性化學物質之運作，應於運作前向直轄市、縣（市）主管機關申報該毒性化學物質之毒理相關資料，並經該主管機關核可，並依核可文件內容運作。前項核可之申請、審查程序、核（換、補）發、有效期間、變更、展延、撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。