製造、輸入、販賣第一類至第三類毒性化學物質者，應向直轄市、縣（市）主管機關申請核發許可證，並依許可證內容運作。使用、貯存第一類至第三類毒性化學物質者，應向直轄市、縣（市）主管機關申請登記，並依登記文件內容運作。廢棄、輸出第一類至第三類毒性化學物質者，應逐批向直轄市、縣（市）主管機關申請登記，始得運作。第一項及第二項所定毒性化學物質之運作，其運作總量低於依第十一條第二項公告之分級運作量者，得報經直轄市、縣（市）主管機關核可並取得核可文件，不受第一項、第二項、第十八條、第三十五條及第三十九條規定之限制。前四項許可證、登記與核可之申請、審查程序、核（換、補）發、變更、展延、撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

運作關注化學物質應向直轄市、縣（市）主管機關申請核可，並依核可文件內容運作。前項關注化學物質之運作，其運作總量低於前條第三項公告之分級運作量者，不受第三十五條至第四十一條規定之限制。第一項運作核可之申請、審查程序、核（換、補）發、有效期限、變更、展延、撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

毒性化學物質及經中央主管機關指定公告具有危害性之關注化學物質，有下列情形之一者，運作人應立即採取緊急防治措施，並至遲於三十分鐘內，報知事故發生所在地之直轄市、縣（市）主管機關：一、因洩漏、化學反應或其他突發事故而有污染運作場所周界外之環境之 虞。二、於運送過程中，發生突發事故而有污染環境或危害人體健康之虞。前項報知方式，由中央主管機關公告之。有第一項各款情形之一時，主管機關除命其採取必要措施外，並得命其停止與該事故有關之部分或全部運作。必要時，主管機關並得逕行採取處理措施。第一項第二款運送過程發生突發事故時，運作人或所有人應於二小時內派專業應變人員或委託專業應變機關（構）至事故現場，負責事故應變及善後處理等事宜。第一項運作人除應於事故發生後，依相關規定負責清理外，並依規定製作書面調查處理報告，報請主管機關備查；其報告之格式、內容、應記載事項及其他應遵行事項之準則，由中央主管機關定之。

化學物質之毒理特性符合第三條所定毒性化學物質之分類定義者，中央主管機關應公告為第一類、第二類、第三類或第四類毒性化學物質。第一類、第二類及第三類毒性化學物質，中央主管機關得公告限制或禁止其有關之運作。運作人使用毒性化學物質之過程因採行對策及控制方法，證明可預防或避免污染環境或危害人體健康者，得申請解除前項公告所定限制或禁止事項。申請被駁回者，得提出申復，但以一次為限；其申請應檢附之文件、核駁、提起申復之期限及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。第四類毒性化學物質之運作，應於運作前向直轄市、縣（市）主管機關申報該毒性化學物質之毒理相關資料，並經該主管機關核可，並依核可文件內容運作。前項核可之申請、審查程序、核（換、補）發、有效期間、變更、展延、撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。