違反第二十四條第二項前段或第二十七條第一項準用第二十四條第二項前段規定，棄置依第二十四條第一項公告或依第二十七條第一項準用第二十四條第一項公告之甲類物質於海洋，或違反第二十八條規定從事有害物質之海上焚化者，處三年以下有期徒刑，得併科新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰金。犯前項之罪，因而致嚴重污染海洋者，處七年以下有期徒刑，得併科新臺幣三千萬元以上一億元以下罰金。第一項之未遂犯罰之。

違反第十八條第一項規定，未經許可而排放廢（污）水於與海域相鄰接之區域者，處五年以下有期徒刑，得併科新臺幣一億元以下罰金。

違反第二十條第一項規定，未經許可利用海洋設施從事探採油礦、輸送油、化學品或排放廢（污）水者，處五年以下有期徒刑，得併科新臺幣三十萬元以上三千萬元以下罰金。

依本法規定有申請或申報義務，明知為不實之事項而申請、申報不實或於業務上作成之文書為虛偽記載者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣三十萬元以上五百萬元以下罰金。

不遵行主管機關依第四十八條、第五十條或第五十五條規定所為之停工命令者，處二年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣五十萬元以上一千萬元以下罰金。