違反第二十七條第一項、第二十八條第一項未立即採取緊急應變措施、不遵行主管機關依第二十七條第四項、第二十八條第一項所為之命令或不遵行主管機關依本法所為停工或停業之命令者，處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣二十萬元以上五百萬元以下罰金。不遵行主管機關依本法所為停止作為之命令者，處一年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰金。

違反第二十七條第一項、第四項規定者，處新臺幣六萬元以上六百萬元以下罰鍰；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。違反第二十八條第一項規定者，處新臺幣一萬元以上六百萬元以下罰鍰，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰；必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。