醫療法人應建立會計制度，採曆年制及權責發生制，其財務收支具合法憑證，設置必要之會計紀錄，符合公認之會計處理準則，並應保存之。醫療法人應於年度終了五個月內，向中央主管機關申報經董事會通過及監察人承認之年度財務報告。前項財務報告編製準則，由中央主管機關定之。醫療社團法人除適用前述規定外；其會計制度，並應依公司法相關規定辦理。中央主管機關得隨時命令醫療法人提出財務、業務報告或檢查其財務、業務狀況。醫療法人對於前項之命令或檢查，不得規避、妨礙或拒絕。

醫療法人不得為保證人。醫療法人之資金，不得貸與董事、社員及其他個人或非金融機構；亦不得以其資產為董事、社員或任何他人提供擔保。