本法關於船長或駕駛之規定，於代理船長、駕駛或執行其職務者準用之。代理船長、駕駛或執行其職務者，違反前項準用規定者，依第八十九條至第九十四條、第九十八條或第九十九條規定處罰。本法關於船舶所有人於第八條、第二十八條之三、第三十條之一、第三十四條之一、第五十二條第三項、第五十九條第二項、第七十條、第七十四條第二項規定，於船舶租用人準用之。船舶租用人違反前項準用規定者，依第八十九條、第九十條、第九十一條第一項、第九十七條、第九十八條或第九十九條規定處罰。

下列船舶之所有人或承擔其安全營運與防止污染管理責任之機構，應於生效日起建立安全營運與防止污染管理制度，並取得航政機關核發之評鑑合格證書：一、總噸位一百以上或乘客定額超過一百五十人以上之客船。二、總噸位五百以上之貨船。三、其他經主管機關公告適用之船舶。前項規定所稱生效日，於第一款及第二款規定之船舶，為本法中華民國一百零七年十一月六日修正之條文施行日起一年；第三款規定之船舶，為主管機關公告後一年。安全營運與防止污染管理制度之內容、評鑑、豁免及等效、證書之申請、核發、補發、換發、註銷、撤銷或繳銷、評鑑費、證書費之收取、證書有效期間及其他應遵行事項之規則，由主管機關定之。船舶具備主管機關委託之驗船機構核發國際船舶安全管理章程評鑑合格證明文件者，視為已依前項所定規則之評鑑合格，免再發相關證書。

非中華民國船舶，除經中華民國政府特許或為避難者外，不得在中華民國政府公告為國際商港以外之其他港灣口岸停泊。