船舶有下列情形之一者，其所有人應向船舶所在地航政機關申請施行特別檢查：一、新船建造。二、自國外輸入。三、船身經修改或換裝推進機器。四、變更使用目的或型式。五、特別檢查有效期間屆滿。船舶經特別檢查合格後，航政機關應核發或換發船舶檢查證書，其有效期間以五年為限。但客船、貨船船齡超過二十年者，核發、換發船舶檢查證書之有效期間不得超過二年。

船舶經特別檢查後，於每屆滿一年之前後三個月內，其所有人應向船舶所在地航政機關申請施行定期檢查。船舶經定期檢查合格後，航政機關應於船舶檢查證書上簽署。

船舶有下列情形之一者，其所有人應向所在地航政機關申請施行船舶臨時檢查：一、遭遇海難。二、船身、機器或設備有影響船舶航行、人命安全或環境污染之虞。三、適航性發生疑義。船舶經臨時檢查合格後，航政機關應於船舶檢查證書上註明。