依前條規定扣留之船舶，由有關機關查證其船上人員有下列情形之一者，沒入之：一、搶劫臺灣地區船舶之行為。二、對臺灣地區有走私或從事非法漁業行為。三、搭載人員非法入境或出境之行為。四、對執行檢查任務之船艦有敵對之行為。扣留之船舶有塗抹或隱蔽船名、無船名、拒絕停船受檢、從事漁撈、其他違法行為，或經主管機關查證該船有被扣留二次以上紀錄者，得沒入之。扣留之船舶無前二項所定情形，且未涉及違法情事者，得予以發還。

前條所定主管機關依第四十二條規定扣留之物品，屬違禁、走私物品、用以從事非法漁業行為之漁具或漁獲物者，沒入之；扣留之物品係用以從事漁撈、其他違法行為，或有塗抹、隱蔽船名、無船名、拒絕停船受檢情形而扣留之漁具、漁獲物或其他物品，得沒入之；其餘未涉及違法情事者，得予以發還。但持有人涉嫌犯罪移送司法機關處理者，其相關證物應併同移送。