行政院因認食安自治條例認部分條文有違反食品安全衛生管理法及憲法第 23 條規定之情形，故函告直轄市政府食安自治條例認部分條文應屬無效 ，直轄市政府不服，提起訴願，遭決定駁回，遂向高等行政法院提起撤銷 訴訟。試問：該法院應如何處理？