第 52 條
違反第三十條第一項各款情形之一或第三十一條第一項規定者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，按次處罰；情節重大者，得令其停止作為或停工、停業，必要時，並得廢止其水污染防治許可證（文件）或勒令歇業。
第 56 條
依第二十條第三項、第二十二條、第三十一條第二項、第三十二條第四項或第三十三條第二項有申報義務，不為申報者，處新臺幣六千元以上三百萬元以下罰鍰，並通知限期申報，屆期未申報或申報不完全者，按次處罰。